本发明公开了一种磁层能量粒子事件爆发源的探测追踪方法，包括：通过中性原子成像仪采集并连续记录粒子爆发事件的全过程；统计不同能量范围的粒子爆发事件所记录的能量中性原子能谱，绘制粒子爆发事件的能量中性原子能谱图；依据粒子爆发事件的能量中性原子能谱图，计算同一粒子爆发事件中两个不同能段的中性原子能谱峰值响应的时间差，由此获得能量粒子从触发到进入中性原子成像仪的运行总距离；计算粒子爆发事件中从能量离子触发源位置到产生能量中性原子的低高度中性原子辐射源位置的能量离子折合直线运行距离；根据粒子从触发源位置到低高度中性原子辐射源位置的能量离子折合直线运行距离和能量离子的投掷角，分析粒子爆发事件的触发源位置。