本发明公开了一种农作物秸秆降解预处理的方法，该方法包括如下步骤：在离子膜电解槽中，采用均相阴、阳离子交换膜将离子膜电解槽分成加盐区、阳极区和阴极区三部分；在所述加盐区添加氯化钠水溶液作为电解质，恒流电解，所述阳极区得到酸性氧化电解水，所述阴极区得到碱性还原电解水；将农作物秸秆放入碱性还原电解水中，加热搅拌预处理；再放入酸性氧化电解水中，加热搅拌预处理；将经上述预处理过的农作物秸秆放入缓冲液中，再加入酶液酶解。利用酸性氧化电解水联合碱性还原电解水对秸秆进行预处理，有效提高秸秆中半纤维素、木质素的脱除效果，提高了后续步骤的酶解效率，且安全环保。