本发明公开了一种考虑岸壁效应的航标船自适应神经网络分数阶滑模控制系统及方法，调用自适应分数阶滑模控制系统算法，利用径向基函数神经网络能逼近任意函数的特点，通过RBF神经网络估计模块估计出船舶模型的未知干扰力和未知干扰力矩，基于Lyapunov稳定性理论，在跟踪误差收敛到零，系统渐近稳定后，计算船舶纵向控制输入力和艏向控制输入力矩；将纵向控制输入力和艏向控制输入力矩，施加于船舶的执行机构上，驱使船舶保持期望位姿和期望速度，实现高精度定位，本发明能驱使船舶渐进地追踪期望的航向和估计外部扰动，并使得船舶保持目标航线，实现高精度定位。