一种变轨控制系统，涉及吊挂式输送线技术领域。一种变轨控制系统，包括主轨、跨接在主轨上的变轨站、控制主机，变轨站设置有进站装置、运输轨道、出站装置。进站装置对接处的主轨上设有进站解读传感装置。在进站装置与出站装置之间设置有提升轨道。提升轨道上方设置有提升装置。所述提升轨道前端设有提升解读传感器。所述提升装置与出站装置之间设置有阻挡装置。所述阻挡装置处设有启动传感器，所述启动传感器用于感应到载具后发送给控制主机，控制主机打开阻挡装置、启动出站装置，令载具经由出站装置进入主轨。本发明对载具进行全程监控感应，保证变轨站的正确使用，满站则关闭变轨装置，防止超载对变轨站的损坏，通过了变轨站的可靠性和安全性。