本发明涉及一种具有液压同步机构的对置式液压自由活塞发动机及其驱动方法。对置自由活塞发动机包括：高压工质液路，低压工质液路，电子控制单元，喷油器，进气口，排气口，共轴且对称分布的第一缸套、第二缸套，与第一缸套配合的第一活塞，与第一活塞相连的第一活塞杆，与第一活塞杆另一端连接的第一高压工质输出腔，与第二缸套配合的第二活塞，与第二活塞相连的第二活塞杆，与第二活塞杆另一端连接的第二高压工质输出腔，高压工质液路，液压同步机构。本发明液压同步机构的第一同步腔与第四同步腔连同，第二同步腔与第三同步腔连同，形成两个同步回路，由于液体工质难以压缩的性质，相互牵制，相互约束，使得两侧活塞能够同步运动。