本发明涉及一种飞秒激光在透明硬脆材料上加工微纳米尺度通孔的方法，属于激光应用技术领域。本发明的目的是为了解决现有方法在微纳米尺度通孔加工中成本高、效率低的问题。该方法将飞秒激光空间整形成贝塞尔光束，通过控制贝塞尔光束的直径可连续调节在透明硬脆材料内部形成的改性孔尺寸，结合平移台的移动实现改性孔阵列加工，再通过湿法刻蚀形成盲孔阵列，最后利用磨抛机磨抛去除多余材料形成微纳米尺度通孔。该方法加工的微纳米通孔出口尺寸可调、可加工大面积阵列、单孔加工时间短、加工效率高、成本低，可应用于细胞筛选和DNA分子测序等领域。