本发明公开了一种电路板标识系统、方法及存储介质，涉及产品标识领域，本发明包括：打孔装置，用于根据孔阵码在所述电路板上打孔，以在所述电路板上形成表示所述孔阵码的孔阵；核销装置，用于识别所述电路板上的孔阵并根据所述孔阵解析出所述孔阵码，发送所述孔阵码的核销信息；控制装置，所述控制装置存储有数据集合，所述数据集合用于存储未分配的孔阵码，所述控制装置接收所述核销信息，并将所述核销信息对应的孔阵码存储到所述数据集合中，所述控制装置向所述打孔装置分配所述数据集合中的孔阵码。通过重复孔阵码，解决增大电路板打孔面积的问题。