本发明提供一种物流配送管理方法及其系统，将目标区域划分为仓储中心及多个子区域，各子区域包括多个配送点；获取各子区域的配送信息，配送信息包括子区域的货物量及各配送点地址；获取目标区域内的车辆信息，车辆信息包括车型、实时位置及接单信息；将订单信息与车辆信息相匹配，为各子区域选择适合的配送车辆，并生成配送清单；根据配送信息，获取仓储中心到各配送点之间以及各配送点相互之间的所有线路，计算各线路的通行时间，根据通行时间，生成各子区域内的配送路线；发送配送清单及配送路线到各配送车辆。本发明对每次送货的车辆及配送路线进行灵活调整，可快速周转货物，极大的提高了物流配送效率，有较好的经济效益及社会效益。