本发明属于水平井开发技术领域。本发明公开了一种水平井堵水剂注入工艺控制方法，包括以下步骤：步骤1，依据出水位置和目前井下管柱，设计并选择堵水组合管柱；步骤2，注入堵水剂前注入油层保护剂或注入堵水剂前及注堵水剂过程中多次注入油层保护剂进行油层保护；步骤3，依据堵水剂性质，注入堵水剂的压力，优化选择堵水剂的注入控制方式；步骤4，依据水平井出水和重点疏通清洁的井段位置，优化选择解堵水剂的注入方式和管柱的位置。本发明主要从管柱定位、油层保护、堵水剂注入及污染解除等方面进行了研究，提高了水平井堵水的针对性、精准性和成功率，具有可操作性强、有效实用等优点。