本发明创造提供了一种非匹配扰动二阶多智能体系统有限时间一致性控制方法，属于智能控制领域,其包括：(1)使用有限时间非匹配扰动观测器来估计每个跟随者的非匹配扰动值；(2)通过估计的非匹配扰动使用反步法设计有限时间输出一致协议，使得跟随者在有限时间追踪到领导者；(3)引入一个变结构提高控制协议对未知领导者的输入和跟随者非匹配扰动的鲁棒性；(4)给出输出一致性时间的估计值。本发明的控制系统具有鲁棒性，而且保证跟随者的扰动即使从与输入信道不同的信道进入也能快速的跟踪到领导者，并且给出了有限收敛时间的估计值；此外，本发明还降低了资源、通信设施的花费以及对信道的需要。