本发明涉及一种大视场高通量流式细胞分析系统及分析方法，该分析系统包括：照明模块，用于产生单色光；细胞样本固定控制模块，用于固定并调整细胞样本的位置，以使细胞样本位于成像视野位置处，同时控制细胞样本匀速流动；数据采集模块，用于采集单色光经过细胞样本后形成的干涉图像；控制处理模块，用于对干涉图像进行处理，得到虚拟焦距，根据虚拟焦距对干涉图像进行图像重建，得到重建图像，基于预先训练完成的细胞分割分类模型，对重建图像进行分析，得到细胞样本的分析结果。本发明的大视场高通量流式细胞分析系统，通过计算显微成像，提供大视野、无标记的细胞相位图像，样本控制部分不再受到成像视野的局限。