本发明提供一种Micro CT中对床位的轴向校正方法、系统、介质及装置，将模体设置于床位支架上，对床位和模体进行Micro CT扫描获取扫描数据；对床位多次在第一方向上进行第一预设距离的移动，每次分别对床位和模体进行扫描获取扫描数据；对前一扫描数据和后一扫描数据计算获得第二方向和第三方向误差角度；将每次扫描和起始扫描之间的床位移动距离总和乘以第二方向误差角度平均值获得第一校正参数，将每次扫描和起始扫描之间的床位移动距离总和乘以第三方向误差角度平均值获得第二校正参数，基于第一和第二校正参数对扫描数据进行第二方向和第三方向的平移校正获得校正数据。本发明用于实现多个区域的扫描图像的连续一致性，对多床位之间的误差进行校正。