本发明提供了一种导航手术系统、计算机可读存储介质及电子设备，包括通信连接的机器人系统、导航系统和控制单元，机器人系统包括机械臂，机器人系统具有在机械臂上的机器人坐标系；导航系统包括导航跟踪设备和骨靶标，导航系统具有能够被导航跟踪设备识别的基坐标系和校验靶标坐标系；基坐标系与机器人坐标系具有预定的第一转换关系，校验靶标坐标系与基坐标系之间具有预定的第二转换关系；控制单元识别校验靶标坐标系，根据骨靶标的坐标系确定机械臂处于预期位姿时机械臂在校验靶标坐标系下的位置；根据机械臂在校验靶标坐标系下的位置、第二转换关系及第一转换关系得到机械臂在机器人系统坐标系下的期望位置，确保手术精度，扩大术中操作空间。