本发明涉及一种磁共振扫描控制方法，其包括，将读出方向的视场角虚拟扩增，得到扩增后的读出方向数据；对所述读出方向数据分成的多个K空间数据进行相位对齐；根据相位对齐后的多个所述K空间数据，分别重建对应的多个图像；通过所述实际噪声及预设噪声，获取噪声减弱的平均采集次数；所述实际噪声为通过所述多个图像处理后得到。本发明还提供一种存储介质及一种磁共振扫描控制系统，本发明提供的磁共振扫描控制方法、存储介质及系统可避免为了减弱噪声而进行的多次反复扫描，达到提高扫描效率，把控扫描时间的效果。