一种连续加工式冷冻干燥系统，包括：入料装置，所述入料装置包括用以将承载物料的料盘连续地送入冷冻干燥仓的过渡仓；送料装置，所述送料装置包括用以连续地将来自所述过渡仓的料盘连续并循环地送至所述冷冻干燥仓的干燥加热装置的升降装置。根据本实用新型的连续加工式冷冻干燥系统，由于冷冻干燥仓配备了入料装置和出料装置，并在仓内配备了带升降装置的送料装置，故被加工物料的出入料可以实现自动化，提高了生产的稳定性，减轻了劳动强度。而且，由于入料装置采用连续并循环的操作工艺流程，实现了冷冻干燥产品的不间断生产，提高了冻干设备的生产效率，并减少了物料的轮转次数，降低了物料与外界接触的时间，提高了冻干产品的品质。