本实用新型公开了一种石墨阴极的阳极层离子源装置，包括：壳体、磁铁、导磁件、阳极件、石墨阴极、第一极靴和第二极靴。壳体开设有第一凹槽；第一极靴设置于第一凹槽内，磁铁设置于第一极靴的两端并贴合于第一凹槽的内壁，导磁件设置于第一极靴与磁铁所形成的第二凹槽内，阳极件设置于导磁件的内腔，第二极靴设置于导磁件与磁铁形成的承载平台上，石墨阴极包裹于第二极靴，石墨阴极用于阻挡从阳极件发射的电子对第二极靴进行轰击。如此，离子在阳极的加速下轰击产品时，石墨阴极能够阻挡从阳极件发射的离子对第二极靴进行轰击，从而有效的保护第二极靴，同时避免对环境造成污染。