本实用新型公开一种全自动细胞制备系统，包括管路系统、控制器以及蠕动泵、离心模块和培育模块，管路系统通过分支连接多个介质袋，离心模块用于将待离心的介质进行高速密度梯度离心后自动分离提取和转存到介质袋中，再选取所需组份输送至培育模块；培育模块内置体积可调的细胞培养容器，用于对离心模块离心后获得的目标细胞进行培养。本实用新型将离心工站和培养工站分开，由离心模块完成细胞的离心，由培育模块完成细胞的培养，独立作业可以兼顾分离和培养各自对体积的要求；培育模块内置体积可调的细胞培养容器，从而可根据实际需要调整体积或选择合适体积的细胞培养袋，不受离心模块的限制，从而大大提高了细胞的制备效率。