一种基于智能清理船和絮凝剂的蓝藻水华治理系统，包括船体、药箱、隔膜泵、钢丝软管和排水管；船体的船头内部设置混流仓，船体的中部设置过滤仓；混流仓的出液端与过滤仓的进液端对应连接；药箱滑动设置在船体上；药箱底部设置出药管，出药管上设置流量控制阀；出药管上并联设置支管，支管上设置隔膜泵，隔膜泵的进液端通过该支管连接药箱出药端；混流仓上端设置转接转角接头；钢丝软管下端的设置封堵；钢丝软管上设置多个出药孔；混流仓内部沿进液至出液方向依次设置第一钢板、第二钢板和第三钢板；过滤仓底部连接排水管。本实用新型能够及时有效地预防和控制水华爆发，提高过滤效率、降低成本，避免藻渣二次污染。