本实用新型公开了一种琼脂糖凝胶板打孔装置，包括支架，所述支架包括自上而下依次设置的顶板、支撑板以及底板，所述底板具有供琼脂糖凝胶板放置的放置面；升降单元，所述升降单元包括驱使所述支撑板上下升降的至少一个支撑板升降组件以及驱使所述顶板上下升降的至少一个顶板升降组件；以及若干个针管，所述针管内设置有负压组件，所述负压组件包括可在所述针管内上下移动的活塞以及下端与该活塞连接的活塞杆，各所述活塞杆上端穿过所述针管后与所述顶板固定，所述针管上端开设有供所述活塞杆穿过的通孔，所述针管与所述支撑板固定。本实用新型能够满足根据不同实验的实际要求，快速打出所需要的孔洞。