本实用新型公开了一种小型脉动真空灭菌器，包括设置于灭菌柜体内的灭菌舱和设备舱，所述的灭菌柜体前侧端开设有灭菌舱，所述的灭菌舱内固定连接有灭菌箱，所述灭菌箱内滑动嵌套有不少于两个氧化铝陶瓷托盘，所述的氧化铝陶瓷托盘上均设有通孔，所述的灭菌柜体后侧端开设有设备舱，所述的设备舱内设有水箱、小型蒸汽发生器、汽水分离器和小型真空泵，所述小型蒸汽发生器的后端设有汽水分离器，所述的水箱、小型蒸汽发生器和汽水分离器依次通过水管连接，且汽水分离器的出口端连接的管道贯穿灭菌箱，所述小型真空泵的抽取管口通过管道与灭菌箱连接，本实用新型具有减少热能浪费，灭菌器清洗方便等优点。