本实用新型提供了一种高通量自动化切片扫描系统，包括基座、显微镜系统、载物台、进片装置和退片装置。显微镜系统设于基座上，该显微镜系统包括显微镜、升降装置和电动物镜切换装置。载物台位于显微镜系统的下方。载物台包括xy运动平台和切片盘夹持装置。进片装置设于载物台的进片侧，该进片装置包括进片库、切片盘安置导向结构、下落引导机构和一切片盘进给机构。退片装置设于载物台的退片侧，该退片装置包括退片库、切片盘安置结构、切片盘抬升装置和切片盘钩拉装置。本实用新型的进片库可容纳大量的切片盘，提高了单次扫描的效率，减少了人工干预，从而实现切片的连续扫描。进片过程、退片过程和扫描运动各自独立驱动，减少了切片交接准备时间。