本实用新型涉及一种自适应切片扫描系统，包含有机架，成像系统，信息提取装置，X轴传动组合，Y轴传动组合，Z轴传动组合，切片盒传动组合，其特征在于：所述的Y轴传动组合置于机架(3)上，X轴传动组合在Y轴传动组合的上方，Z轴传动组合在X轴传动组合上方，成像系统置于机架(3)的中后部，左右分别放置，信息提取系统和切片盒传动组合。通过以上设置，可以实现各种切片的全自动高精度扫描管理，用户只需要人工将需要扫描的切片放置到切片架上，就可以全自动地实现切片的取出、定位、ID识别、对焦、扫描、存储等一系列功能，极大地提高了切片处理的效率。