本发明涉及一种全切片扫描路径动态规划方法及系统，方法包括以下步骤：i、对低倍的鸟瞰图像进行处理，计算出鸟瞰图像中可扫描区域的范围，ii、在可扫描区域的范围内选择扫描起始位置，iii、通过步进式地移动显微镜镜头探索出该可扫描区域的外边界，iv、穷举所有以显微镜视野当前停留位置为起点的，移动步数为M的扫描路线；在穷举出的若干条扫描路线中按预设规则优选出一条扫描路线并执行；v、在显微镜镜头每移动1步后均重新执行第iv步骤中的路线规划，直到在显微镜视野的临近范围没有待扫描区域。本发明能够在规划扫描路径时，使用动态规划法而非固定路径模式，降低扫描不规则切片时重复路径。