本实用新型公开了一种自动化流体采样机用杀菌机构，包括箱体，所述箱体上设有控制台，且箱体前端设有箱门，所述箱体下端设有底座，其底座下端设有支撑底盘，且支撑底盘两侧设有万向轮，所述收集瓶上设有抽吸泵，其抽吸泵一端设有输送管，且抽吸泵另一端设有抽吸管，所述抽吸管另一端设有集液槽。该自动化流体采样机用杀菌机构的箱体内开设有工作仓，且工作仓内设有安装框架，并且安装框架内设有收集瓶，而工作仓内设有紫外线灯，且通过紫外线灯对每次取样前、后的仪器及残留液进行杀菌处理，以保证当次所取水样为最真实水样，并且抽吸泵两端分别设有输送管和抽吸管，并且分别与收集瓶和集液槽连接，使得该装置使用更方便。