本实用新型公开了一种黑臭河涌治理底泥微生物菌群激活设备系统，包括壳体，所述壳体的顶端安装有吊钩，所述壳体的底端安装有底座，所述壳体内设置有内箱，所述内箱内设置有过滤网，且过滤网位于壳体内的中间位置，所述壳体内设置有培养驯化器，且培养驯化器位于壳体内的一端位置，所述壳体内设置有微气泡发生器，且微气泡发生器位于壳体内的另一端位置，本实用新型在壳体的内侧设置有内箱，且内箱的外侧设置有加热板，通过加热板对内箱内的过滤网进行加热，从而实现内箱内部在过滤的同时进行菌群的加热，从而更快速的对菌群进行加热，实现更快的处理效果，进而增加工作效益的状况。