本实用新型提供的热交换器包括板片、压紧板与底座，压紧板与底座沿竖直方向相对设置，压紧板、板片与底座限定出相互隔离用于供冷却液流动的第一回路与用于供海水流动的第二回路，压紧板设置有第二回路的进水口与出水口，底座设置有与第二回路底部排水口连通的排水管路，排水管路设置有封堵件。本实用新型还提供一种船用发动机冷却系统，包括泵体、冷却水管以及上述热交换器，热交换器的进水口和出水口各自连接有冷却水管；泵体用于驱动海水从冷却水管进入热交换器内。本实用新型提供的热交换器，当需要排出内部海水时，只需要移动封堵件使封堵件与排水管路脱离即可从第二回路的底部完全将海水排掉，避免海水腐蚀热交换器。