本实用新型公开了一种高通量蛋白表达深孔装置，包括深孔板本体，所述深孔板本体的多组深孔内腔内均设置有柱管，多组所述柱管的上方设置有配重板，所述柱管内连通有外周粘接有密封套的导气管，多组导气管通过多通阀与外部导气装置连通，所述配重板的顶端通过多组螺钉连接有PLC；所述深孔板本体设置在移动平台内，所述移动平台的底端焊接有四组矩形阵列排列的支撑腿，且支撑腿的底端焊接有具有制动能力的万向轮，所述移动平台的侧面还连通有辅助流通的辅助机构，所述移动平台包括储液盒、抵紧杆和转杆，所述储液盒的四组竖向部均开设有横向螺纹孔。该高通量蛋白表达深孔装置，不仅能够进行调温，还方便进行调控。