本实用新型公开了一种用于质谱仪的热平衡系统，包括机箱，具有箱体和箱盖；安装部；循环换气结构，包括第一、第二散热风扇；温度检测单元；其中，温度检测单元将检测到的温度信号传输至所述控制单元，控制单元对接收的数据信息进行处理，并发送控制信号控制第一、第二散热风扇的启动和变速，且控制单元将处理后的温度值和第一、第二散热风扇的工作状态传输至上位机。本实用新型优点在于箱体的上部和下部具有抽风方向相反的散热风扇，第一散热风扇将外界空气送入容纳腔内，第二散热风扇将内部热空气排至外界空气中，实现循环换风，散热效果好；且散热通风孔进一步保证容纳腔内热空气自上而下的流通性，进一步保证循环通风，进而保证散热效果。