本实用新型公开了一种智能采样与留样系统，智能采样与留样系统包括：控制主机、采样装置、堵塞监测装置、留样装置、辅助功能装置和接口装置；控制主机与各个装置电性连接；控制主机用于根据操作人员输入的操控指令操控采样模式和留样模式，和，控制辅助功能装置的运行，和，与堵塞监测装置进行监测数据的交互；采样装置与堵塞监测装置相连，堵塞监测装置用于监测采样装置内的管道阻塞情况并将管道阻塞情况反馈至控制主机；辅助功能装置包括门禁组件、冷藏组件和报警组件，门禁组件用于控制控制主机的可操作权限，冷藏组件用于冷藏水样，报警组件用于故障时发出警报；接口装置用于为各个连接端口提供信息交互功能以及信息采集功能。