一种用于连续分离毕赤酵母菌体的设备，包括用于对含有毕赤酵母菌体的发酵液进行离心处理的离心机，在离心机的进口端连通有进料管道，在进料管道上安装有第一调节阀、第一质量流量计、第一压力传感器和用于观察进料管道内物料情况的第一视镜，第一调节阀与第一质量流量计联动；在离心机的轻相出口端连通有轻相出料管道，在轻相出料管道上安装有第二压力传感器、第二调节阀、第二质量流量计和用于观察轻相出料管道内物料情况的第二视镜，第二调节阀与第二质量流量计联动；在离心机的重相出口端连通有有重相出料管道。该设备简单实用，通过对离心机轻相出口端的流量控制，能够在保证符合环保和食品级产品要求的前提下进行毕赤酵母菌体的分离提取。