本实用新型公开一种剩余污泥零排放的制药废水处理系统，包括依次连接的缺氧池、好氧池、沉淀池和清水池，沉淀池的污泥出口分别与酶反应池和缺氧池连通，酶反应池的出口连接酶终止池，酶终止池的出口与缺氧池连通。本实用新型首次利用酶反应池和酶终止池处理体统产生的污泥，并将酶反应池中的污泥和有机物全部回流至缺氧池，实现了整个体系的剩余污泥零排放，并将产生的有机物供后续处理步骤分解利用，最终形成水和二氧化碳等成分。且通过在缺氧池中下部设置布水管和搅拌器进一步提高缺氧池的利用效率。与现有污水处理方法相比，本实用新型方法具有投资低、效果好、无二次污染，污泥零排放的优势。