一种校正质谱数据的方法包括：使用具有已知质荷比(m/z)值或先前质量测量的质荷比(m/z)值的校准物在一个或多个校准时间(tl)进行第一本征成分(A、B、C)的校准测量；列出在一个以上的采集期间存在的第二本征成分(D、E、F)列表，其中所述第二本征成分的质荷比(m/z)值在一个或多个校准时间(tl)期间或接近校准时间(tl)的时间不存在或未被观察到，但是在时间上确实与所述第一本征成分(A、B、C)重叠；并且利用所述列表计算一个或多个采集期的质量或质荷比(m/z)校正系数，所述采集期在时间上不接近或邻近与包含直接校准的质荷比(m/z)值的采集期。