本发明公开了一种燃料电池的氢腔气体置换控制方法，包括步骤：在燃料电池启动前估计氢腔内初始非氢气体量；根据初始非氢气体量与电堆电流加载时氢腔所能允许的最大非氢气体量之差得到置换时所需排出的最小非氢气体排出量；开启排氢阀对氢腔进行排气操作，直到非氢排气气体量大于或等于最小非氢气体排出量。本申请在提高燃料电池使用性能的同时，保证电堆输出性能以及快速变载能力；同时延长电堆使用寿命；提高燃料电池整体的环境适应性；缩短系统的启动时长。