本发明涉及一种燃料电池应急电源能量管理策略及系统，所述策略为：根据锂电池SOC控制精度、燃料电池效率及系统响应速度三个系统性能指标建立价值函数，在系统的不同负荷状态下，自适应分配价值函数中各性能指标的权重系数；检测当前时刻k系统的状态量，通过蜘蛛猴算法对价值函数可行解初始化，并进行迭代更新寻优得到最优解，将最优解向量中k时刻的值u^*(k)作为燃料电池电流下一时刻的控制量实现能量流在燃料电池和锂电池间的优化分配。燃料电池应急电源管理系统实时监测电网状态，系统检测到市电中断，自动启动燃料电池应急电源系统。检测到市电中断时，自动启动燃料电池应急电源系统，能量管理控制器根据能量管理策略进行能量管理。