本发明公开了一种时间交替架构采集系统中频响失配误差的校正方法，先指定校正模块内FFT的长度、FFT的帧数以及校正级数，并设置总采样点数以匹配FFT长度和帧数，每一级校正模块的结构均相同；之后利用点频法测量每一个通道的离散频响，并利用曲线拟合使离散频响点数与FFT点数相同；对于某一级校正过程，信号首先进行复制，并在计数器的控制下形成两组不同的有效数据通过两个FFT模块，每个FFT以帧为单位依次求取有效数据的频谱，之后该频谱与每个通道的离散频响依次相乘获得每一个通道每一帧的误差数据；各通道误差数据按照时间交替的顺序依次组合得到该组FFT的误差数据；两组FFT的误差数据被对应的上级校正结果和对应的原始采样结果之和减去，得到两组预校正数据；最后两组预校正数据在计数器的控制下按顺序组合成为最终校正输出。