本发明公开了一种直接电子探测相机的成像方法、装置及计算机设备，涉及电子显微镜相机技术领域，主要在于能够提高图像的信噪比，进而提高电子探测效率。其中方法包括：对所述原始图像中的团簇进行分类，得到低信噪比团簇和高信噪比团簇；利用所述低信噪比团簇和所述高信噪比团簇分别对应的图像进行三维重构，得到所述低信噪比团簇和所述高信噪比团簇分别对应的三维模型；基于所述低信噪比团簇和所述高信噪比团簇分别对应的三维模型，计算所述低信噪比团簇对应的滤波函数；利用所述滤波函数对所述低信噪比团簇对应的图像进行滤波处理，并将图像进行叠加，得到所述冷冻样品对应的输出图像。本发明适用于直接电子探测相机的成像。