本发明涉及一种低能离子束探测与离子束流强自平衡连锁控制系统，该系统包括：离子束探测单元，被配置为对离子束流强信号进行探测；数据采集与连锁单元，被配置为对采集的离子束流强信号进行数据分析与自平衡判断，实现被连锁设备的连锁及离子束流强调节，使核孔膜生产终端达到正常生产的流强条件；数据显示存储单元，被配置为获取所述数据采集与连锁单元信号，对核孔膜生产终端的数据和状态信息进行存储和显示。本发明可以实现低能量流强的探测，解决核孔膜生产时的流强探测不准的问题，实现束流流强的自平衡调节，并配合实现其它的生产联动。