本发明涉及一种自适应抗频谱弥散干扰方法及系统，首先利用雷达的主通道提取受干扰的脉冲数据段，再进行短时傅立叶变换得到干扰的二维分布，再通过截取和二维平滑处理提取任意调制干扰的时频特性，并通过时频域滤波器对干扰的数据进行二维滤波，进而对傅立叶反变换的数据进行脉冲压缩，最后估计得到真实目标的距离。本发明利用发射信号和干扰信号时频特性不一致的先验信息，直接通过时频域的二维滤波方式实现主瓣自卫式SMSP干扰的抑制。本发明的优点在于适用于任意调制的SMSP干扰，可广泛用于所有采用线性调频信号的雷达中，且具有运算量相对小，便于实现和推广。