本发明公开了一种预测植物lncRNA‑miRNA相互作用的方法，包括：获取原始数据集，对其进行处理以得到lncRNA序列特征集合、lncRNA的相互作用谱集合、miRNA序列特征集合、miRNA的相互作用谱集合，计算lncRNA序列特征集合、lncRNA的相互作用谱集合、miRNA序列特征集合、miRNA的相互作用谱集合分别对应的相似度S_lncS、S_lncP、S_miS、S_miP，将lncRNA的序列特征相似度S_lncS、lncRNA的相互作用谱相似度S_lncP进行组合，以得到lncRNA的组合相似度，并将miRNA的序列特征相似度S_miS、miRNA的相互作用谱相似度S_miP进行组合，以得到miRNA的组合相似度；从第一相互作用矩阵中随机选取1/5的元素置零，以得到第一训练矩阵，并将第一训练矩阵转置。本发明能够解决现有基于机器学习预测lncRNA‑miRNA相互作用的方法无法适用于无表达谱、靶基因的lncRNA或miRNA的相似性预测的技术问题。