本发明公开了一种化学分子合成仿真方法及装置，该方法包括：针对每一个输入组合中每一个初始形状，执行下述方法：通过遍历确定初始形状可拼接的引导分子，并进行拼接后得到第一合成形状；通过遍历确定第一合成形状上可拼接的基础分子，作为拼接分子；将其中一个拼接分子与第一合成形状拼接，得到第二合成形状，将第二合成形状作为新的初始形状，重新执行上述合成第二合成形状的方法，直至达到预设条件；选择另一个拼接分子，重复上述方法，得到初始形状可合成的所有合成形状，将所有合成形状划分为有限形状或无限形状；存储有限形状和无限形状的形状信息。本发明可以快速确定基础分子和引导分子能够合成的有限形状的数量和形状信息。