本发明公开了一种新型量子化学分子性能预测的方法和系统，获取待测化学分子的结构参数；并得到与预测性能相关的参数数据；利用量子化学软件Gaussian对所要预测的化学分子进行几何结构优化，获得量子化学参数；将获取的待测化学分子的与预测性能相关的表示同一性能的参数数据依据数值大小排序，并按照1：3的比例拆分为验证集和训练集，其中，训练集用于建立预测模型；将获取的分子描述符作为自变量，以与预测性能相关的且表示同一性能的参数数据依据为因变量，建立各种结构描述符与预测性能的定量关系模型，将验证集数据带入获得的回归方程，得到其预测值。本发明通过量子化学计算方法能够快速的对分子的各项性能进行预测，具有预测速度快和预测效率高的特点。