本发明公开了一种化学分子合成仿真方法及装置，该方法包括：针对采样的每个输入组合，判断选择的拼接分子能否与初始形状与引导分子合成的合成形状拼接；能则将拼接后的分子作为新的初始形状；选择拼接分子，并判断选择的拼接分子能否与新的初始形状与引导分子合成的新的合成形状拼接；不能则重新选择拼接分子，并判断能否拼接，直至连续选择的n个拼接分子均不能拼接时，确定合成形状为有限形状或无限形状；在采样得到的输入组合的数量达到采样数量阈值时，计算所有有限形状数量与采样数量阈值的比值，将该比值确定为实际化学反应中有限形状数量与输入组合数量的比值。本发明可以降低实际化学反应带来的时间成本。