本发明公开了一种基于微流控芯片的蛋白质聚集体分析检测装置及工作方法，该装置包括微流体控制系统、光学系统、成像系统、微流控芯片、数据采集处理系统。微流体控制系统包括注射泵和样品池，用于对芯片中样本流和鞘液流的流速控制；光学系统包括激发光源单元和收集单元，激发光源用于将激发光引入到芯片通道的检测区域，收集单元用于前向散射光信号收集；成像系统包括CMOS相机和第二聚焦透镜；所述的微流控芯片置于方形卡槽中；所述的数据采集处理包括光电探测器和低噪声锁相放大器组成。本发明的优点是减少了系统的成本且保持小型化优势，同时具有光学和成像两种监测系统，样品和试剂的用量少，便携性强。