本发明公开了一种多点位岩层孔隙压力测试方法及系统，通过获取测量位置信息，根据所述测量位置信息在待测岩层上生成待测孔。然后通过水压膨胀封孔塞对所述待测孔进行封闭，得到密封空间。最后对所述密封空间进行注气后，获取所述密封空间的压力值，根据所述密封空间的压力值确定所述待测岩层对应的岩层孔隙压力值。本实施例通过在岩层上钻孔，并将水压膨胀封孔塞放入孔中，通过水压膨胀封孔塞对该孔进行密封后，通过测量该孔内的压力值得到实际的岩层孔隙压力值。解决了现有技术中，通过传统预测方法计算出来的地层孔隙压力与实际的地层孔隙压力可能出现较大偏差的问题。