本发明属于人工智能领域，具体涉及一种小鼠胚胎器官识别与评分方法与系统，方法包括以下步骤：采集不同时期的小鼠胚胎原始图像并进行人工标注；将小鼠胚胎原始图像和标注文件输入Mask‑RCNN网络进行训练得到器官识别模型；将标注后的图像中的器官从原图中截取下来，并将其及对应的评分作为训练集数据，分别对不同的卷积神经网络进行训练，得到可以对各个器官发育分别评分的图像评分模型；将待识别的小鼠胚胎原始图像输入器官识别模型中，输出图像中的所有器官；将所有器官从原图中截取下来，分别输入到图像评分模型，得到各个器官的发育评分；得到总评分。本发明可快速、准确地识别小鼠胚胎中的器官，并判断出每个器官当前的发育阶段。