本申请涉及荧光编码微球技术领域，公开了一种含有花菁类化合物的编码微球及其制备方法和应用。一种含有花菁类化合物的编码微球，所述编码微球包括：花菁类化合物、微球、封闭层，花菁类化合物在微球内部，封闭层在最外层。其制备方法，包括以下步骤：将微球分散于溶剂，得到微球悬浮液；将花菁类化合物溶解于溶剂，得到染料溶液；将染料溶液加入微球悬浮液中；包覆封闭层。含有花菁类化合物的编码微球在制备检测抗原/抗体和核酸的生物检测试剂中的应用。本申请通过控制花菁类化合物的加入量或加入化合物的个数，得到一系列荧光强度不同的编码微球，最终制得的编码微球荧光变异系数（CV值）好，编码范围大。