本发明公开了一种磁浮列车的掉点砸轨自恢复方法及系统，方法包括：当磁浮列车的悬浮点出现掉点砸轨现象时，首先判断电流传感器或间隙传感器是否存在故障；若存在，则控制磁浮列车滑行直至到站以便按相应流程进行维修；若二者均正常，则进一步判断加速度传感器是否存在故障；若是，则切换控制算法并控制悬浮点重新起浮；若否，则在第一预设时长后控制悬浮点重新起浮。本发明将故障诊断方法和控制切换策略相融合，有效解决了悬浮列车掉点砸轨自恢复问题，提高了悬浮系统的可靠性，降低了悬浮列车失稳造成的风险。