本发明涉及一种防中子辐射特种功能水凝胶的制备方法，包括如下步骤，先制备得到球形的纳米硼改性的水凝胶材料，然后将所得球形水凝胶材料表面封装阻隔层，得到防中子辐射特种功能水凝胶。所得水凝胶中大量的氢原子能够起到快中子慢化的作用，硼元素起到中子吸收的效果，最终达到防中子辐射的目的。对水凝胶进行封装，不仅提高了水凝胶材料的力学强度、增强了水分的保有率，还能够将水凝胶与混凝土拌合中的水进行分隔，降低对混凝土力学性能的负面影响。通过向封装层材料中添加含硼纳米粒子的方式进一步提升整体含硼量，使水凝胶具有更高的屏蔽/吸收辐射的性能。