本发明公开一种表面改性的聚醚醚酮材料及其制备方法和应用。所述聚醚醚酮材料包括水热处理后的磺化聚醚醚酮骨架和通过原位合成负载于所述骨架表面的聚吡咯纳米层，其中聚吡咯的负载量为1×10^‑3mg/cm²‑10mg/cm²。本发明对聚醚醚酮磺化而赋予其磺化官能团，这利于后续负载聚吡咯以作为改性层，不仅可以增强聚醚醚酮的力学性能、亲水性、光热性能等理化性质，而且能够赋予该材料表面生物活性、光响应智能调控免疫反应及光热快速杀菌功能，拓宽了聚醚醚酮材料在生物医学领域的应用。