本发明公开了一种燃料电池水管控方法，具体包括以下步骤：当燃料电池系统运行至某一电流且运行风量达到该电流设定值后，分别读取系统进出口端的温度、压力、湿度的数据；读取燃料电池系统相关运行参数；计算出电堆净含水量及含水量变化值；读取燃料电池系统设定的电堆净含水量与电流点对应值，将计算值与系统设定值比较；分析判断电堆净含水量及变化值是否满足系统设定要求；按一定周期再重新进行以上步骤的参数读取、计算、判断、调整。本发明可以避免因大气环境湿度、大气压力不同，造成系统入口空气不同湿度对电堆净含水量计算的影响，为电堆运行参数进行调整提供准确策略，让系统稳定运行，提高燃料电池性能输出稳定性以及延长电堆使用寿命。